Órganos de Decisión
Asamblea General
Denominada también Congreso Regional. Es la suprema autoridad de la organización. Está conformada por los representantes de las comunidades nativas asociadas o afiliadas. Sus decisiones son obligatorias para todos los asociados o afiliados, aún para aquellos que hubiesen votado en contra, se hubiesen abstenido de votar o estuviesen ausentes.
La Asamblea General es de dos clases: ordinaria y extraordinaria
Se realiza cada tres años con la finalidad de analizar los problemas, plantear propuestas y elegir a la nueva junta directiva de FENAMAD. Son miembros con voz y voto, los presidentes de las comunidades debidamente acreditados
Consejo directivo
Es el órgano de dirección, responsable de la marcha administrativa e institucional de la Federación en todos sus niveles y proyectos.
Ejerce la representación de la Organización por lo que tiene amplias facultades de representación legal y de gestión, dentro del marco de la finalidad y objetivos de la Federación.
La duración del periodo del Consejo Directivo es de tres (03) años. Esta compuesto por un presidente, un vicepresidente, un secretario, un tesorero, un fiscal y un vocal, pudiendo asumir cualquiera de estos cargos tanto hombres como mujeres.
ORGANIZACIONES INTERMEDIAS
COHARYIMA
El Consejo Harakmbut Yine Matsiguenka, es una organización intermedia de FENAMAD. Fue creado en el año 1993 como Consejo Harakmbut (COHAR), habiendo extendido su campo de acción a los pueblos Matsiguenka y Yine, posteriormente. Fue incorporada como base de FENAMAD en el año 1996.
Tiene como objetivo la búsqueda del bienestar de los pueblos que integra. Con ese fin, canaliza las propuestas y demandas de las comunidades que representa hacia FENAMAD.
Su presidente actual es el señor Luis Tayori Kendero , integrante del pueblo Harakmbut, quien fue elegido presidente de COHARYIMA por los próximos dos años (2012-2014) durante una asamblea realizada en la ciudad de Puerto Maldonado.
Tayori reemplazó en el cargo a Antonio Fernández Pizango, quien es actualmente presidente de la comunidad nativa de Diamante.
COINBAMAD
El Consejo Indígena del Bajo Madre de Dios es una organización intermedia de la FENAMAD que representa a los pueblos y comunidades nativas de la parte baja del río Madre de Dios. Fue reconocida oficialmente como base de la FENAMAD durante el XV Congreso Regional, realizado en la comunidad nativa de Boca Inambari los días 16, 17 y 18 de enero del 2012.
Su presidente actual es Ángel Jipa Vargas, del pueblo Shipibo.
